Koulutuksen tulee antaa erikoislääkärille valmiudet hallita vaativia diagnostisia menetelmiä sekä suunnitella ja toteuttaa erikoisalansa vaativa sairauksien ennaltaehkäisy ja hoito yksilö- ja väestötasolla. Erikoislääkärikoulutusta annetaan 50 erikoisalalla.
Koulutuksen tavoitteena on lisäksi, että lääkäri perehtyy terveydenhuollon suunnitteluun, hallintoon ja johtamiseen osallistumalla moniammatilliseen johtamiskoulutukseen. Erikoislääkärikoulutuksen voi aloittaa heti lääketieteen lisensiaatin tutkinnon ja laillistamisen jälkeen.